1 纯蒸汽灭菌
生物制药用纯化水系统应首选纯蒸汽灭菌，这种方法消 毒效果最可靠，但管道系统及贮罐需耐压。
（1）制药用水管道进行纯蒸汽灭菌时，纯蒸汽 压力为 0.2 MPa；纯蒸汽刚开始以流通蒸汽形式从罐 底阀后进入系统（回水管路上装有恒压阀时），置换 出管路系统中的空气（由呼吸过滤器排出），一段时 间后开启罐底阀，置换出罐内空气，再关闭呼吸过 滤器，密闭系统内压力及温度均开始上升，通过人工在各使用点及最低点微启阀门排凝结水。
（2）当管道内温度升至 121℃时开始计时，灭 菌 35 min。灭菌指示带应变色，否则须重新灭菌。
（3）灭菌后若水系统不立即使用，应对系统充 氮或充压缩空气保护，避免冷凝形成真空可能带来 污染。
（4）贮罐等容器设备，在纯蒸汽灭菌前应进行 清洗，灭菌后若过夜后使用，在使用前应用注射用 水再次淋洗。
（5）对于装在注射用水系统用于自动排凝结 水的疏水器要求为：热动力型带温度检测， 316 或 316L 不锈钢制造，具有卫生接口和自排功能。
（6）用于纯蒸汽消毒的管路贮罐应有良好的保 温设施，避免死角和积水。通常 WFI 系统除阀门 外全程保温， PW 系统（热力灭菌方式）除净化区 内管路外全程保温。洁净区内管道保温层外壳应有 304 保护外壳。
2 巴式消毒灭菌
巴式消毒主要用于纯化水管路系统，在循环 回路上安装换热器或贮罐带夹套，将纯化水加热到 80℃以上（以最难温升处达到 80℃开始计时），维 持 1 h，即可达到预定要求，关键在于管路要有加温 保温装置(加热量 > 散热量)，保证灭菌温度和时间。输送泵、传感器等也应耐受 80℃以上热水。
3 过热水灭菌
过热水灭菌过程与巴式消毒灭菌类似，区别在于加热开始前，系统内用过滤的氮气或压缩空气充 压至约 0.25 MPa，然后将系统水温加热到 125℃， 持续一段时间，然后冷却排放，系统用过滤的氮气 或压缩空气充压保护。
4 臭氧消毒灭菌
臭氧消毒分两种；一是对水的消毒，当其浓度 达 0.3 mg/L 时，只要 0.5~1 min 即达到致死细菌效果。二是对空管路消毒，原理雷同空气净化原理。
使用臭氧水消毒并在用水前开启紫外灯减少臭 氧残留，是制药用水系统、尤其是纯化水系统消毒 的常用方法之一。
产生臭氧的方法是用干燥空气或干燥氧气作原 料，通过放电法制得。另一个生产的臭氧的方法是 电解法，将水电解变成氧元素，然后使其中的自由 氧变成臭氧。使用电解系统生产臭氧的主要优点是：没有离 子污染；待消毒处理的水是用来产生臭氧的原料， 因此没有来自系统外部的其他污染；臭氧在处理过 程中一生成就被溶解，即可以用较少的设备进行臭 氧处理。若在加压条件下，可生产出较高浓度的臭氧。 经臭氧消毒处理过的水在投入药品生产前，应当将 水中残存（过剩）的臭氧去除掉，以免影响产品质量。臭氧的残留量一般应控制在低于 0.0005-0.5 mg/L 的 水平。在制药工艺应用最广的方法是以催化分解为 基础的紫外线法。具体做法是在管道系统中的第一个用水点前安装一个紫外杀菌器，当开始用水或生产前，先打开紫外灯即可。
5紫外线消毒
紫外线有一定的杀菌能力，通常安装在纯化水 系统中用于控制微生物的滋生，延长运行周期，另在臭氧灭菌系统中可用于残余臭氧的分解。
6.纠偏
欧美药典均设立了注射用水 ( 包括纯化水 ) 的警 戒水平和纠偏限度的监控措施，其目的是建立各种 规程，以便监控结果显示某种超标风险时，可实施 这些规程，从而确保制水系统始终达标运行，生产 出合格的水，它可被理解为制药用水系统的“运行 控制标准”，体现了动态管理的基本思想。所谓警戒水平是指微生物某一污染水平，表明系统有偏离正 常运行条件的趋势，警戒水平的含意是报警和提醒 注意，通常属企业的内控标准，尚不需采取纠正措 施；而纠偏限度是指微生物污染的某一限度，监控 结果超过此限度时，表明系统已偏离了正常的运行条件，需立即采取纠偏措施，使系统回到正常的运行状态。
应当指出，警戒水平和纠偏限度一般应根 据所积累的足够多的数据，从对技术和产品的综合 考虑，建立在工艺和产品规格标准的范围之内。因此， 超出警戒水平和纠偏限度并不意味着整个工艺过程 已危及产品质量，因为它已经考虑了产品的安全因 素，但这也并不是说水监控数据超标不影响产品出 厂，因此可以放任注射用水系统在超过纠偏限度条件下运行，那不仅违背了设定限度的初衷，而且也从根本上违背了GMP 的准则。因此，一旦发现监控 状况出现偏差，即应调查原因，采取有效措施，使 系统始终处于适当的受控状态，生产出符合质量要 求的制药用水。
一般认为合适的纠偏限度为：纯化 水为 100CFU/ ml ，注射用水 10CFU/100ml (USP24)， 其中 CFU 为菌落数。另外常规定连续三次超过警戒限度视为超过一 次纠偏限度。 制药用水系统设计，生产，法规要求三者之间 的关系可见图 6： 由此可见，优良的设计会给生产、运行、维护、 验证带来极大的便利，反之，则造成质量事故和极 大的浪费。
